Who administers direct democracy mechanisms at the national level?

Wetraadgevend referendum (Consultative Referendum Law) 13-07-2015

http://wetten.overheid.nl/BWBR0036443/geldigheidsdatum_13-07-2015#Hoofdstuk7_Paragraaf2_Artikel44

See also: https://www.kiesraad.nl/artikel/raadgevend-referendum 

RULES OF PROCEDUREFOR THE LOWER HOUSE

(Adopted 1993; last amended 2013)

http://wetten.overheid.nl/BWBR0006023/geldigheidsdatum_28-06-2013

Article20 (Committee for Petitions and Citizens’ Proposals)

(1) Er is een commissie voor deVerzoekschriften en de Burgerinitiatieven, waarvan de werkwijze bijafzonderlijk door de Kamer vast te stellen reglement wordt geregeld.

(2) Zij is belast met hetuitbrengen van verslag over alle door de Kamer of een commissie van de Kamer inhaar handen gestelde verzoekschriften en burgerinitiatieven. Zij is tevensbelast met het uitbrengen van verslag over onderzoeksrapporten van de Nationaleombudsman, indien daartoe aanleiding is.

(3) De commissie voor deVerzoekschriften en de Burgerinitiatieven toetst of een burgerinitiatief voldoet aande ontvankelijkheidscriteria, genoemd in artikel 132a, en aan de vormvereisten,vastgesteld in het in het eerste lid bedoelde reglement.

(4) Elk verslagover een verzoekschrift en een burgerinitiatief bevat een duidelijke conclusieof een behandelingsvoorstel.

Referendum is administered by the Electoral Council (Kiesraad) together with minicipalities. Agenda initiatives are the responsibility of the legislature (Second Chamber/Lower House).