Who administers direct democracy mechanisms at the national level?

Political Constitution of Costa Rica (Constitución Política de la República de Costa Rica):

Artículo 102.- El Tribunal Supremo de Elecciones tiene las siguientes
funciones:
9) Organizar, dirigir, fiscalizar, escrutar y declarar los resultados de los
procesos de refer?ndum. No podr? convocarse a m?s de un refer?ndum al
a?o; tampoco durante los seis meses anteriores ni posteriores a la elecci?n
presidencial. Los resultados ser?n vinculantes para el Estado si participa, al
menos, el treinta por ciento (30%) de los ciudadanos inscritos en el padr?n
electoral, para la legislaci?n ordinaria, y el cuarenta por ciento (40%) como
m?nimo, para las reformas parciales de la Constitución y los asuntos que
requieran aprobaci?n legislativa por mayor?a calificada. (Reforma
Constitucional 8281 de 28 de mayo de 2002)